Selon une note confidentielle émanant de l'Unité de coordination de la lutte antiterroriste du ministère de l'intérieur datée de janvier 2016, la France compte 8 250 islamistes radicalisés, (soit une augmentation de 50 % en un an).
Une partie de ces islamistes sont partis en Syrie aux côtés de l'Etat Islamique (ISIS), mais les autres infiltrent tous les niveaux de la société, à commencer par la police et les forces armées.
Une note confidentielle de la Direction de la sécurité de proximité publiée par Le Parisien, détaille 17 cas de policiers islamisés, entre 2012 et 2015, avec une accélération en 2014. La note fait état de policiers musulmans qui écoutent et diffusent des chants islamiques pendant leurs patrouilles.
Certains policiers ont refusé ouvertement de participer à une minute de silence en commémoration des victimes d'attentats et même de protéger une synagogue.
La direction de la police a également été alertée par une policière qui, sur Facebook, incitait à commettre des attentats. Cette islamiste a qualifié son uniforme de « saleté de torchon de la République » en s'essuyant les mains dessus. « Elle sortait ensuite des vestiaires du service couverte d'un hidjab (voile islamique). En janvier 2015, juste après les attentats contre Charlie Hebdo et l'Hypercacher de Vincennes ou 17 personnes ont trouvé la mort, elle écrivait sur son compte Facebook : « cette fusillade masquée montée par des lopettes de sionistes » [...] « Il faut leur faire la peau ».
L'inquiétude est d'autant plus grande que les fonctionnaires de police sont équipés d'une arme de service et ont accès aux bases de données de la police.
La préfecture de police de Paris affirme que le phénomène est minoritaire, mais a pris la décision de recenser, sur une base hebdomadaire, les « comportements de transgression du principe de laïcité », c'est à dire les policiers musulmans qui donnent le sentiment de basculer dans la radicalisation. Patrice Latron, directeur du cabinet du préfet de police de Paris, a déclaré au Parisien que le phénomène était « très marginal ».
La police n'est pas la seule à s'inquiéter. L'armée française aussi. Il n'existe pas de statistiques ethniques sur le nombre de soldats musulmans au sein de l'armée française, mais chacun sait qu'ils sont nombreux, et d'autant plus sensibles à l'influence islamiste que la France est engagée militairement en Afrique, contre Al Qaeda au Maghreb Islamique (AQMI) et contre l'Etat Islamique au Moyen Orient. Rappelons que depuis les attentats de janvier 2015 contre Charlie Hebdo, la plus grosse opération militaire française a lieu sur le territoire national : 10 000 militaires protègent en France les synagogues, les écoles juives, les gares, le métro et quelques mosquées aussi pour montrer aux musulmans que la République ne les considère pas comme des ennemis. Leur mission n'est plus d'être une force d'appoint mais comme l'explique le Figaro, de « déployer sur la durée de véritables opérations militaires intérieures ».
Dès 2013, lors des 5e rencontres parlementaires de la sécurité nationale, le colonel Pascal Rolez, adjoint au sous-directeur Contre-ingérence à la Direction de la protection et de la Sécurité de la Défense (DPSD), avait déclaré : « Nous constatons une augmentation de la radicalisation parmi les militaires français, notamment après l'affaire Mérah ». Pour mémoire, Mohamed Mérah, un jeune français musulman avait assassiné en 2012, à Toulouse, de sang-froid, trois militaires et plusieurs Français de confession juive dans une école.
Pour identifier ces militaires en voie de radicalisation, la DPSD prend en compte les changements vestimentaires, les arrêts maladie à répétition, les voyages ou encore les vols de matériels.
Depuis les attentats de janvier 2015 contre Charlie Hebdo et l'Hypercacher de Vincennes (15 personnes assassinées), l'actualité a fourni plusieurs signes de la radicalisation au sein de l'armée française.
Le 21 janvier 2015, la station de radio RFI, a annoncé qu'une dizaine d'anciens militaires français ont déserté pour combattre aux côtés des djihadiste en Syrie en Irak. Jean-Yves Le Drian, ministre de la défense, a confirmé mais a relativisé. Il parle de cas « extrêmement rares ». L'un de ces militaires occuperait la position d'« émir » dans la région de Deir Ezzor et commanderait une dizaine de combattants français qu'il aurait lui-même formé au combat. D'autres sont experts en explosifs ou parachutistes ; ils viennent pour certains d'unités de commandos ou de la Légion étrangère.
En janvier 2015 toujours, peu après les attentats contre Charlie Hebdo et l'Hypercacher de Vincennes, la police découvre que l'adjudante de gendarmerie – la gendarmerie est un corps de police qui dépend du ministère de la défense -, Emmanuelle C., 35 ans, une Bretonne convertie à l'islam depuis 2011, entretenait des relations avec Amar Ramdani, un proche d'Amedy Coulibaly, le terroriste tueur de Montrouge et de l'Hyper Cacher. Le même Ramdani, recherché pour trafic d'armes et de stupéfiants, a été vu par la Direction du renseignement de la préfecture de police (DRPP) dans la zone « dite publique » du fort de Rosny-sous-Bois (Seine-Saint-Denis). Ce fort abrite les services scientifiques de la gendarmerie. Emmanuelle C pour sa part, a été jugée pour avoir contourné les consignes de sécurité afin de consulter le Fichier des personnes recherchées (FPR) à plus de 60 reprises. Elle a été condamnée à un an de prison avec sursis et chassée de la gendarmerie.
En juillet 2015, la presse révèle que des explosifs - 180 détonateurs et une dizaine de pains de plastic - ont été volés sur un site de l'armée près de Marseille. Les enquêteurs ont d'emblée posé la question d'une complicité interne, tant les malfaiteurs semblaient bien informés. Deux pistes sont envisagées, le terrorisme islamiste et le grand banditisme. L'enquête serait toujours en cours.
Le 16 juillet 2015, le président François Hollande révèle qu'un attentat a été déjoué contre une base militaire française. Trois jours auparavant, le 13 juillet, quatre hommes dont un ancien militaire de la Marine nationale, ont été interpellés. Ils avoueront qu'ils projetaient de pénétrer sur une base de la Marine dans le sud de la France, de prendre en otage un « haut gradé », puis de le décapiter avant de diffuser les images de cette décapitation sur les réseaux sociaux. L'ancien militaire passe pour être l'un des leaders du commando.
Le 9 mars 2016, le journal local Presse Océan révèle qu'un ex-militaire français « radicalisé » a été arrêté au Maroc à sa descente d'avion. Il emportait dans ses valises, quatre couteaux de cuisine, une machette, deux canifs, une matraque rétractable, une cagoule noire et une bonbonne de gaz. Manuel Broustail, ancien militaire converti à l'islam, avait été assigné à résidence en novembre 2015, à Angers (Maine-et-Loire) après les terribles attentats du 13 novembre, à Paris, ou plus de 130 personnes ont trouvé la mort. Radié de l'armée en août 2014, il demeurait dans le collimateur des services de sécurité. L'ensemble des médias s'inquiètera qu'une personne puisse franchir les contrôles de sécurité des aéroports avec un pareil arsenal sans être inquiété.
Pour Thibaut de Montbrial, spécialiste du terrorisme et Président du Centre de réflexion sur la sécurité intérieure, le risque « est de voir des représentants des forces de l'ordre s'en prendre à leurs collègues. Quelqu'un qui porte l'uniforme s'en prend à quelqu'un d'autre, qui porte le même uniforme. Un tel scénario n'est pas impossible en France. Les forces de sécurité doivent avoir ce risque présent à l'esprit ».